Il toponimo onora nella prima parte il santo patrono, San Giovanni Battista, mentre nella seconda fa riferimento ad uno dei fiumi che ne attraversa il territorio. Comune in provincia di Udine, posto in pianura, ai margini delle alture del Collio ed ai confini con l'area di Gorizia, il territorio, che oltre al capoluogo comprende anche alcune frazioni, è attraversato dai fiumi Natisone e Judrio. Fa parte di un importantissimo polo industriale del settore del mobile.
Il rinvenimento di reperti romani e la particolare posizione lungo la strada che collegava Cividale ad Aquileia fa ipotizzare che il paese sia stato colonizzato dall'Impero. Risulta citato per la prima volta in un documento dell'anno Mille circa, epoca in cui fu donato dal Patriarca di Aquileia all'abbazia di Rosazzo. Fu coinvolto sul finire del XIII secolo negli scontri tra il signore di Gramogliano e quelli di Manzano per il controllo di parte del territorio di San Giovanni. Caduto il Patriarcato, fu parte del territorio di Manzano fino al Trattato di Campoformio: il nome fu San Giovanni di Manzano fino al 1928. In epoca successiva fu inglobato nel Regno Asburgico. Durante la Prima Guerra Mondiale a causa della posizione occupata fu scelto per ospitare comandi militari.

Da vedere:
La chiesa di San Giusto di antiche origini è preceduta da un porticato sorretto da otto colonne e presenta una facciata originale, caratterizzata dalla presenza di un campaniletto centrale, a vela, che sporge nettamente oltre la sommità del tetto. Il portale risale alla prima metà del Cinquecento, così come la pala lignea, intagliata e dipinta che arricchisce l'altare.
Villa De Brandis a Dolegnano, la cui costruzione ebbe inizio nella prima metà del XVIII secolo, possiede un bellissimo parco. Subì danni durante la Prima Guerra Mondiale, fu lasciata al Comune dalla Contessa De Brandis nel 1984. Contiene numerose tele opera del Duroni, dell'Arsella, del Milesi e di tanti altri apprezzati artisti.
La casa di Pietro Zorutti a Bolzano di San Giovanni;. per un lungo periodo, tra il Settecento e l'Ottocento, vi visse uno dei poeti più rappresentativi della regione.
Villa Trento a Dolegnano, risalente al Settecento, è circondata da un esteso parco.
Ville De Puppi a Villanova del Judrio di epoca cinquecentesca.