Con una superficie di appena 44 ettari, lo Stato della Città del Vaticano è il più piccolo stato indipendente del mondo, sia in termini di numero di abitanti che di estensione territoriale. I suoi confini sono delimitati dalle mura e, su piazza San Pietro, dalla fascia di travertino che congiunge le due ali del colonnato.
Oltre che al territorio proprio dello Stato, la giurisdizione vaticana si estende in un certo senso anche su alcune zone di Roma e fuori Roma, che godono del diritto della "extraterritorialità".
Primo nucleo dei Musei Vaticani fu la raccolta di sculture formata da Giulio II (1503-1513) ed esposta nel cosiddetto "Cortile delle Statue ", oggi Cortile Ottagono. I papi furono tra i primi sovrani che misero a disposizione della cultura e del pubblico le raccolte d'arte del loro palazzo. Nella loro forma di raccolte artistiche ordinate in appositi edifici accessibili al pubblico, i Musei e le Gallerie Pontificie hanno origine da Clemente XIV (1769-1774) e Pio VI (1775-1799) e perciò la parte allestita sotto questi due papi prese il nome di Museo Pio-Clementino. Pio VII (1800-1823) ampliò notevolmente le raccolte di Antichità Classiche, aggiungendovi il Museo Chiaramonti e il Braccio Nuovo e arricchì notevolmente la Raccolta Epigrafica ospitata nella Galleria Lapidaria.
Gregorio XVI (1831-1846) fondò il Museo Etrusco (1837) con i reperti provenienti dagli scavi dell'Etruria meridionale eseguiti dal 1828 in poi, il Museo Egizio (1839) con i monumenti egiziani provenienti da esplorazioni fatte in Egitto e con quelli che si trovavano già in Vaticano e nel Museo Capitolino, il Museo Profano Lateranense (1844), con statue, bassorilievi, mosaici di età romana che non potevano trovar posto nei Palazzi Vaticani. Al Museo Profano Lateranense, Pio IX (1846-1878) aggiunse nel 1854 il Museo Cristiano, comprendente sculture cristiane antiche, specialmente sarcofagi, e iscrizioni. Sotto il pontificato di San Pio X (1903-1914), nel 1910, venne aggiunto il Lapidario Ebraico: una sezione contenente 137 iscrizioni di antichi cimiteri ebraici di Roma, in gran parte del cimitero sulla via Portuense, donate dai proprietari del fondo, marchesi Pellegrini-Quarantotti. Queste ultime raccolte (Museo Gregoriano Profano, Museo Pio Cristiano e Lapidario Ebraico) sono state trasportate, per volere di Giovanni XXIII (1958-1963), dal Palazzo Lateranense ad un nuovo edificio appositamente eretto in Vaticano; nel 1970 sono state riaperte al pubblico.
Fanno parte inoltre dei Musei: la Galleria degli Arazzi, con una raccolta di arazzi di diverse manifatture dei sec. XVI e XVII; la Galleria delle Carte Geografiche, decorata da Gregorio XIII (1572-1585) e restaurata da Urbano VIII (1623-1644); le sale Sobieski e dell'Immacolata Concezione; le Stanze e la loggia di Raffaello, fatte decorare da Giulio II e Leone X (1513-1521); la Cappella del Beato Angelico, dipinta sotto il pontificato di Nicolò V (1447-1455); la Cappella Sistina, che prende il nome dal suo fondatore Sisto IV (1471-1484); l'Appartamento Borgia, già abitazione di Alessandro VI (1492-1503); la Pinacoteca Vaticana, collocata da Pio XI (1922-1932) nel 1932 in un apposito edificio presso il nuovo ingresso dei Musei; il Museo Missionario-Etnologico fondato da Pio XI nel 1926, ordinato nei piani superiori del Palazzo Lateranense, e successivamente trasportato anch'esso, per volere di Giovanni XXIII, in Vaticano, dove è stato riaperto al pubblico nello stesso edificio che accoglie le collezioni ex-Lateranensi. Nel 1973 fu aggiunta la Collezione di Arte Religiosa Moderna e Contemporanea, inaugurata da Paolo VI (1963-1978) nell'Appartamento Borgia. Il Museo Storico, fondato anch'esso nel 1973, trasferito nel 1987 nell'Appartamento Papale del Palazzo Lateranense, raccoglie una serie iconografica dei Papi, nonché cimeli dei Corpi Militari Pontifici e della Cappella e Famiglia Pontificia, anche per le cariche ora soppresse; infine, una documentazione del cerimoniale non più in uso. In Vaticano è rimasta la sezione delle carrozze e automobili papali. Dall'inizio del 2000 i Musei Vaticani accolgono i visitatori con un nuovo spazioso ingresso dove trovano posto i servizi di accoglienza, arricchito da diverse opere d'arte due delle quali realizzate appositamente.
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