Villa San Michele non è un'abitazione privata, nel senso letterale del termine. È, più esattamente, la testimonianza delle riflessioni e dei sentimenti di Axel Munthe sulla bellezza e sui grandi interrogativi dell'esistenza, ma rimane, al contempo, aperta a ogni interpretazione.
L'architettura è utilizzata per sottolineare l'immensità del paesaggio, ma crea, al tempo stesso, una cornice per i capolavori artistici secondo lo spirito romantico - simbolistico. A questo proposito il parco gioca un ruolo importante. Caratteristici sono, a titolo di esempio, le statue ricoperte di rampicanti e i marmi coperti di muschio sparsi nel giardino. Gli oggetti in marmo, pietra, mosaico e terracotta sono circa 655. Quelli in legno, metallo ceramica e tessuti sono ben 530. Le collezioni sembrano presentare alcune tematiche principali. È il caso delle raffigurazioni della natura e degli animali, come anche della morte e della mortalità. Ma non sono disposte seguendo un programma definito. Si ha, più che altro, l'impressione che i pezzi siano stati accostati casualmente in gruppi di qualità variabile. Al Dr Munthe, più che il valore artistico del singolo oggetto, interessava il messaggio e i ricordi personali che sapeva evocare. Questa conclusione fu avvalorata dal fatto che le collezioni non contengono pezzi acquistati in gruppo da altre collezioni.
L'inventario del museo copre diverse epoche dall'antichità agli inizi del Novecento. Le antichità classiche sono romane, egizie o etrusche. Solo pochi esemplari tra queste sono riconducibili alle proprietà imperiali del luogo. Si tratta di resti di costruzioni, elementi architettonici e affreschi.
Varie sono le provenienze degli oggetti. Gli ampi e ramificati contatti del Dottor Munthe attraverso l'Europa includevano molti paesi dalla Scandinavia all'Italia e dall'Inghilterra fino in Russia.San Michele è, nel senso più vero dell'espressione, la creazione di un cittadino del mondo.

Il Giardino
Il giardino segue, nelle grandi linee, le intenzioni di Munthe. Uscendo dalla Villa si passa sotto un loggiato che diventa in seguito un pergolato, che a sua volta si apre in terrazze, in punti panoramici e angoli più raccolti o ariosi del giardino.
Ovunque sono disposti vasi, anfore e diversi oggetti artistici. Secondo il susseguirsi delle stagioni fioriscono a turno camelie, cinerarie, azalee, glicini, ortensie, rose, agapanti, balsamini e centinaia di altre piante del Mediterraneo e di altre parti del mondo. Ma le piante tipiche del luogo che crescono spontanee sono l'acanto, il mirto, la ginestra, il cisto e molti altri ancora. Fra gli alberi ad alto fusto prevalgono i pini, le palme e i cipressi.
Grazie alla sua posizione e alla sua tipicità, il giardino si mantiene sempre fresco e verde tutto l'anno. Nei giorni più caldi dell'estate le pergole offrono ombra e ristoro ai visitatori.

La collezione
La collezione, presente nel museo di San Michele, rappresenta diverse culture attraverso un ampio arco di tempo che si stende dal 1250 circa a.C. agli inizi del Novecento.
La collezione è formata da 1647 oggetti, di cui un quarto rappresentato da antichità. Di notevole interesse è la sfinge egizia in granito rosso e nero del periodo di Ramesse II, collocata nella loggia della cappella. Una collezione minore di epoca etrusca è costituita da una sfinge in marmo, urne in diversi materiali e una testa scolpita in terracotta. Le antichità romane comprendono, iscrizioni, mosaici, opus reticulatum, sculture e colonne.
Bifore e trifore medioevali con elementi antichi romani, come capitelli, colonne e basi, decorano facciate ed interni. Nell'atrio si trova la vera di un pozzo, originariamente nel convento delle sepolte vive di Napoli; la testa di Medusa dello studio, proveniente da Roma, è parte della serie di sculture raffiguranti Medusa poste ad ornamento del tempio di Venere e Roma.
Nella cappella sono presenti sia reperti archeologici sia oggetti che testimoniano l'arte sacra medioevale e il rinascimento napoletano. Capolavoro rinascimentale è il letto a baldacchino in ferro battuto, proveniente dalla Sicilia, nella camera da letto. Una notevole collezione di mobili settecenteschi, provenienti, tra l'altro, dalla Toscana e dal Veneto, è presente al piano superiore del museo. Nella sala da pranzo e nella cucina sono esposti le collezioni di utensili in stagno e in rame, attestanti, rispettivamente, il Settecento svedese e il Cinquecento lombardo. Il giardino ospita, principalmente, oggetti archeologici e antichità medioevali provenienti dall'Italia. Il Museo possiede, inoltre, porcellane svedesi dell'Ottocento, ma anche altri paesi e in particolare l'Italia sono rappresentati da oggetti che ne testimoniano la vita quotidiana. Parte di quanto lasciato dalla regina Vittoria, dopo la sua morte nel 1930, venne acquistato da Axel Munthe e si trova ora disposto anche negli altri ambienti della tenuta della Fondazione per San Michele.
Sono parte della collezione i documenti di Axel Munthe e alcuni dei suoi effetti personali, tra cui parte degli strumenti medici e il manoscritto del suo libro "La Storia di San Michele".

La foresteria
Nei dintorni di Villa San Michele è presente una costruzione di derivazione settecentesca che rappresenta un esempio raffinato di tradizione costruttiva locale.
Utilizzata originariamente dai vescovi di Capri, come abitazione occasionale ad Anacapri, divenne già negli ultimi anni dell'Ottocento la residenza degli ospiti di Munthe (da cui la denominazione, che fa riferimento agli alloggi dei pellegrini nei conventi). Anche quando fu inclusa nelle proprietà di Munthe intorno a San Michele.
Mantenne una certa atmosfera ascetica, nonostante i muri fossero impreziositi, in accordo con il gusto del dottore, da marmi decorativi. Oggi è sede del centro delle attività culturali della Fondazione San Michele.

Barbarossa
Sulla cima della montagna sopra Villa San Michele sono conservate le rovine di un castello. Queste sono costituite in parte da una costruzione centrale collocata in posizione elevata, in cui Munthe fece approntare un semplice rifugio per la notte, denominato Villino Barbarossa, e in parte dalle mura difensive che la racchiudono.
Al pari delle opere difensive di Anacapri, la costruzione risale all'anno Mille circa e fu oggetto, attraverso i secoli, di molte riedificazioni. Il nome storico Barbarossa fa riferimento al pirata Khair-ed-Din che occupò più volte l'intera isola nel corso del Cinquecento.
Munthe acquistò anche i fianchi della montagna perché potessero costituire un rifugio per gli uccelli migratori e che, ancora oggi, rimangono un'oasi naturale sorvegliata dalla Stazione Ornitologica di Anacapri, con sede nella parte abitabile delle rovine.

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